Les plans du Dr. Wily à nouveau déjoués, Megaman est revenu à une vie paisible. Mais rien n'aurait pu le préparer à l'apparente trahison de son propre frère, rotoman... Protoman semble être à la tête d'une légion de maîtres-robots frénétiques, la pire menace de la paix mondiale jamais connue !