Grâce à l'élimination des projets fous de dominer le monde du Dr. Wily, la paix règne à nouveau. Mais le Dr. Wily a secrètement créé huit autres maîtres-robots prodigieusement puissants. Ces ignobles robots lâchés à travers le monde, Megaman pourra-t-il affronter le défi et arrêter à nouveau le Dr. Wily !?